Agencijo ZN za begunce vodita Generalna skupščina ZN in Ekonomsko-socialni svet (ECOSOC).
Dvoletne programe in proračunska sredstva za izvajanje programov odobri UNHCR-jev izvršni odbor. Visoki komisar predstavi omenjene programe in proračun izvršnemu odboru. Visokega komisarja imenuje Generalna skupščina ZN.
Mandat organizacije je določen s statutom UNHCR-ja iz leta 1950. Leta 2003 je Generalna skupščina ZN podaljšala mandat agencije za nedoločen čas, oziroma do takrat, “ko bo problem begunstva dokončno rešen”. Visoki komisar vsako leto poroča Generalni skupščini ZN ter ECOSOC-u o delovni uspešnosti organizacije.
Visoki komisar je kot vodja organizacije odgovoren za usmerjanje in nadzorovanje njenega delovanja. Visoki komisar usmerja delo UNHCR-ja s pomočjo svojega namestnika in pomočnikov za zaščito in izvajanje programov pomoči.
Organizacija UNHCR ima okoli 10,800 zaposlenih na državni in mednarodni ravni, ki delujejo v 128 državah po svetu, večina dejavnosti pa poteka na terenu. Delovanje UNHCR-ja je z leti postalo vse bolj zapleteno: od zaposlovanja novih kadrov in zagotavljanja varnih pogojev dela do koordinacije razpošiljanja zdravil ter zagotavljanja letalskih prevozov. Posebni oddelki, ki se večinoma nahajajo na sedežu UNHCR-ja v Ženevi, nadzirajo ključna področja dejavnosti organizacije, kot so različne operacije po svetu, izvajanje zaščite, zunanji odnosi, upravljanje s človeškimi viri in finančne zadeve. Določeno število regionalnih uradov skrbi za stalno komunikacijo med glavnim sedežem in uradi na nacionalni ravni.