협력관계의 필요성은 UNHCR 과 국가의 범위를 넘어섭니다. UNHCR 이 난민과
관련된 구체적이고 세계적인 임무를 지닌 유일한 유엔기구이지만, 주기적
으로 여러 다른 유엔기구와 협력합니다. UNHCR 과 협력하는 유엔기구 중
일부를 언급하면 다음과 같습니다.

유엔인도주의업무조정국(OCHA)
주로 귀환민 및 국내실향민 상황과 관련하여 단일 기구의 능력과 임무의
범위를 넘어서는 인도적 위기에 대한 유엔의 원조를 조율하는 역할을 수행합니다.

세계식량기구(WFP)
난민캠프 등에 구호식량을 지원합니다.

유엔아동기금(UNICEF)
어린이 건강, 영양, 교육, 훈련, 사회복지 등에 초점을 맞춘 프로그램을 통해 아동의 권리향상을 도모하며, 이러한 노력 들은 종종 난민 소년 소녀들을 위한 UNHCR 의 노력을 보완하기도 합니다.

세계보건기구(WHO)
국제 보건과 관련된 업무를 지도 및 조율하며 예방접종 및 생식보건 캠페인을 적극적으로 펼치고 있습니다.

유엔개발계획(UNDP)
긴급난민사태 발생 후 장기 개발활동을 감독하고, 비호국에서 난민의 통합이나 귀환 후 재통합을 지원하는 등 유엔의 모든 개발활동을 조율합니다.

유엔에이즈계획(UNAIDS)
에이즈의 전세계 확산 방지를 선도하는 조직으로 에이즈 환자에 대한 치료 및 지원을 위한 노력에 앞장섭니다.

유엔인권고등판무관실(OHCHR)
인권을 보호하기 위한 유엔의 활동을 조율하고 심각한 인권침해에 대응합니다.
최근 인도적 위기에 대응하는 유엔기구간 협조체제를 개선하기 위한 노력이 본부간 네트워크(기구간 상임위원회 등)와 실무급 협력을 통해서 활발하게 이루어지고 있습니다.

국제이주기구(IOM)
이주 서비스를 제공하는 정부간 기구로 주로 자발적 본국 귀환에 있어 UNHCR 의 중요한 협력기관입니다.

국제적십자위원회(ICRC)
내전을 포함한 모든 전쟁 피해자를 지원하고 국제인도법이 지켜지도록 노력하는 독립기구입니다. 국제인도법은 특히 분쟁이 이루어지는 방법을 규제하여 민간인에 대한 보호를 제공하고자 합니다.

국제적십자연맹(IFRC)
각국 적십자사를 통해 비상사태로 피해 당한 사람들에게 인도적 구호를 제공하고 국제인도법을 옹호합니다.

국제적 보호를 강화하는데 필수 불가결한 역할을 수행하는 많은 비정부 기구(NGO)들이 있습니다. 실제로, UNHCR 규정은 고등판무관이 “민간 단체”와 연락을 구축하도록 하고 있습니다. NGO 는 그 규모와 활동범위, 재원, 지역적 운영범위 등에 따라 매우 다양합니다. 500 개 이상의 NGO 가 UNHCR 의 협력단체로 난민에게 실질적인 원조를 제공하거나 난민캠프를 설치하고 운영하는 과정을 지원하는 등의 방법으로 공동작업을 수행합니다. 따라서 NGO 는 난민의 권리 침해 여부를 감시하고 위반상황을 보고할 수 있는 최적의 위치에 있습니다. 일부 NGO 는 비호신청인에게 법률적 상담 및 변호를 제공하며 구치소를 방문하고, 재정착한 난민을 지원하고 개별난민을 대표하거나 국가 난민 정책 개선을 위해 정부 대상 로비를 펼칩니다.