1920년대로 거슬러 올라갑니다. 러시아 혁명 이후 발생한 난민 히틀러 치하의 독일에서 발생한 난민들을 비롯 2차세계대전 이후 발생한 약 120만 명의 유럽 난민문제를 해결하기 위해, 유엔의 전신인 국제연맹(League of Nations)은 고등판무관(High Commissioner)을 임명하고 난민문제를 초국가적 문제로 다루기 시작하였습니다.
이러한 노력의 연장선상에서, 국제연맹의 뒤를 이어 탄생한 국제연합 (United Nations)은 국제연합 구호 및 재건기구(UNRRA ,United Nations Relief and Rehabilitation Administration)와 국제난민기구(IRO,International Refugee Organization) 를 각각 1944년, 1947년에 설치하여 긴급구호, 법적 보호를 통해 난민문제를 해결하고자 노력하였습니다. 그러나 IRO는 시대적 정치 상황과 맞물려 여러 국가로부터 충분한 지원을 얻지 못하였고 유엔은 새로운 난민기구의 필요성을 주장하기 시작하였습니다.
그 결과로 1949년 12월 유엔총회 결의문 319(V)를 통해 유엔총회의 보조 기관으로 UNHCR이 설립되었습니다. 설립 당시에는 영구적인 기구의 설치로 인한 정치적 영향에 대해 여러 나라들의 의견이 엇갈리면서 1951년 1월부터 3년 동안 운영하는 것으로 결정되었습니다.
이 규정에 의해 다른 유엔기구로부터 도움을 받고 있는 보호대상자들은 UNHCR의 임무 밖에 있습니다. UNHCR의 임무는 유엔총회에서 3년마다 연장되어 오다가, 2003년에 난민문제가 완전히 해결될 때까지 계속 업무를 수행하도록 승인을 받았습니다.