Работой Агентства ООН по делам беженцев руководят Генеральная Ассамблея ООН и Экономический и Социальный Совет (ЭКОСОС). Исполнительный комитет УВКБ ООН утверждает двухгодичную программу Агентства и соответствующий бюджет. Их представляет Верховный комиссар (в настоящее время - Антониу Гутерриш), которого назначает Генеральная Ассамблея ООН.

Мандат Агентства ООН по делам беженцев в определяется Уставом УВКБ ООН 1950 г. В 2003 году Генеральная Ассамблея ООН продлила мандат организации до тех пор, «пока проблема беженцев не будет решена». Верховный комиссар ежегодно отчитывается о работе УВКБ ООН в ЭКОСОС и Генеральной Ассамблее.

Как глава организации Верховный комиссар отвечает за руководство работой УВКБ ООН. В этом ему содействуют Заместитель Верховного комиссара и Помощники Верховного комиссара, отвечающие за вопросы защиты и операции.

В Агентстве работают более 7 685 местных и международных сотрудников в 126 странах.

Большая часть работы УВКБ ООН осуществляется на местах. Организация работает по всему миру, для этого нужно постоянно решать множество задач, начиная от набора новых сотрудников и обеспечения их безопасности, до закупки медикаментов и продовольствия и организации авиачартеров. Специальные подразделения, большая часть которых расположена в штаб-квартире в Женеве, отвечают за деятельность УВКБ ООН по ключевым направлениям, таким как операции, защита, внешние связи, человеческие ресурсы и финансы. Несколько региональных бюро осуществляют взаимосвязь между офисами на местах и штаб-квартирой.

На местах основная работа УВКБ ООН осуществляется рядом региональных офисов, отделений, дополнительных и полевых офисов. В странах, где работает Агентство, операциями руководят представители Верховного комиссара, также есть ряд региональных представителей.