UNHCR sudah beroperasi di Indonesia sejak tahun 1979, ketika Pemerintah Indonesia meminta bantuan UNHCR dalam membangun kamp pengungsian di Pulau Galang, untuk menampung lebih dari 170,000 pengungsi yang melarikan diri dari konflik di Asia Tenggara.
Rencana Aksi Komprehensive (The Comprehensive Plan of Action /CPA), yang diadopsi pada 14 Juni 1989 oleh Negara Pihak Konferensi Internasional tentang Pengungsi Indo-Cina, memberikan UNHCR tanggungjawab spesifik dalam penanganan kedatangan pengungsi Indo-Cina dan pencarian solusi permanen bagi mereka.
Sejak penutupan kamp pengungsian Galang pada tahun 1996, UNHCR tetap melanjutkan bantuannya bagi Pemerintah Indonesia dalam memberikan kebutuhan pengungsi akan perlindungan internasional.
Saat ini, UNHCR memiliki hampir 60 orang staff yang bekerja di kantor utama di Jakarta dan di empat lokasi lainnya di Indonesia, yaitu Medan, Pekanbaru, Tanjung Pinang dan Makassar.