Di Indonesia, seperti juga di negara lain, UNHCR hanya memberikan perlindungan dan bantuan bagi IDPs apabila diminta oleh pemerintah, seperti pada saat bencana tsunami di Aceh/ Nias pada tahun 2004 dan pada saat bencana gempa dan tsunami melanda Sulawesi Tengah pada tahun 2018.
Pada saat ini, tidak ada pengungsi internal yang sedang dibantu oleh UNHCR di Indonesia.