UNHCR駐日事務所は、ジュネーブ本部、アジア局などと連携し、日本政府や市民社会（NGO、法曹、学者等）ととともに日本に逃れてきた難民の支援・保護に取り組んでいます。
難民に関する法律・政策への提言、難民認定プロセスに関する研修・啓発活動、NGOなどを通じた難民一人ひとりに対する法的・社会的支援のほか、日々の生活で難民や難民希望者が直面する課題解決に取り組み、パートナーとともに難民が日本社会で尊厳をもった生活をおくれるようサポートしています。
UNHCRの主な難民保護活動
■法的/政策的助言
■法務省入国管理局との協力
■裁判所への難民条約の解釈に関する助言
■日本の第三国定住事業への協力
■研修活動・キャパシティビルディング
■難民調査官などの入国管理局職員へのブリーフィング
■難民法講座等の提供
■個別難民の支援・難民のエンパワーメント
■法律・生活支援の提供（NGOを通して）
■大学や企業と連携しての定住支援
■難民のエンパワーメントに向けた活動の支援
■広報活動
■日本社会における難民受け入れへの理解の醸成
個別の難民の支援について
UNHCRは、個別の難民申請者・難民の方々の支援を、以下の団体を含め、事業実施契約パートナー団体やその他の団体への資金提供・協力、その他の団体との連携を通して行っています。
■ 難民支援協会（JAR）：法律・生活カウンセリング・支援の提供
■ 日本弁護士連合会（日弁連）：法律扶助の提供と弁護士への研修
■ 日本国際社会事業団（ISSJ）：主に収容されている申請者へのカウンセリングや精神保健福祉士や社会福祉士によるカウンセリングサービスの提供