اولویت کمیساریا اطمینان از آن است که پناهندگان با انتخاب خود به طور داوطلبانه و آگاهانه به کشور مبدا خود برگردند. از سال ۲۰۰۲ میلادی، کمیساریا از نزدیک به ۱ میلیون پناهنده برای بازگشت به افغانستان حمایت کرده است. با این وجود، از آنجا که اوضاع در افغانستان بی ثبات و ناپایدار است، تعداد کمی از پناهندگان افغانستانی در ایران جهت بازگشتی ایمن و پایدار به کشور خود ابراز تمایل و توانایی کردهاند.
در سال ۲۰۲۰ میلادی، تنها ۹۴۷ پناهنده تصمیم گرفتند که با حمایت کمیساریا به افغانستان بازگردند که برابر با کمترین تعداد سالانه ثبت شده است. از این تعداد، ۲۹٪ پناهندگانی هستند که قصد دارند برای دریافت گذرنامه ملی به افغانستان بازگشته و ضمن درخواست روادید دانشجویی، مجددا به ایران برگردند. در سال ۲۰۲۰ میلادی، هیچ فرد عراقی به کشور خود بازنگشت.
کمیساریاعمدتاً از طریق واحد عملیاتی دوغارون واقع در استان خراسان رضوی بازگشت داوطلبانه را تسهیل می کند.
تعداد پناهندگانی که داوطلبانه به کشور خود بازگشتند (از ۲۰۱۱ میلادی تا اکنون):
پس از بازگشت به افغانستان، در چهار مرکز دریافت کمک نقدی واقع در هرات، به بازگشت کنندگان کمک می شود و به طور متوسط ۲۰۰ دلار برای هر نفر (بر اساس منطقه مبدا)، برای تأمین نیازهای فوری بشردوستانه و هزینههای جابجایی آنها، کمک هزینه پرداخت میشود. علاوه بر کمکهای نقدی، طیفی از خدمات مشترکا توسط کارگزاریهای سازمان ملل متحد برای بازگشت پناهندگان ارائه می شود، از جمله غربالگری بهداشتی اولیه، سوتغذیه و واکسیناسیون (توسط وزارت صحت عامه با حمایت سازمان جهانی بهداشت و صندوق کودکان سازمان ملل متحد)، آگاهیسازی درمورد خطرات مین (توسط گروه مین روب دانمارک با پشتیبانی سرویس اقدام مین سازمان ملل متحد)، اطلاعات مربوط به ثبت نام در مدارس (توسط وزارت آموزش و پرورش با حمایت صندوق کودکان سازمان ملل متحد) و محل اقامت شبانه. کمیساریا و وزارت امور مهاجرین و عودت کنندگان افغانستان نیز نظارت بر بازگشت کنندگان را انجام می دهند و افراد دارای نیازهای ویژه را شناسایی میکنند، که سپس برای ارزیابی و دریافت کمک به ارائه دهندگان خدمات تخصصی ارجاع داده می شوند.
هر ساله، تعدادی از افغانستانیهای فاقد مدارک نیز بدون حمایت کمیساریا به طور خودجوش به کشور خود باز می گردند. سازمان ملل در افغانستان گزارش داد که ۸۵۹،۰۰۰ افغانستانی فاقد مدرک به طور خودجوش در سال ۲۰۲۰ میلادی از ایران بازگشتهاند که این تعداد تقریباً ۸۰٪ نسبت به سال ۲۰۱۹ میلادی افزایش یافته است. اگرچه این تعداد قابل توجه است، مواردی نظیر ماهیت رفت و برگشتی و ذات مدور حرکات بین مرزی میان افغانستان و ایران، عدم انگشت نگاری در افغانستان، فقدان مدارک شناسایی افغانستانی و تأثیرات بیماری کووید-۱۹ بر فرصتهای اقتصادی در کشورهای میزبان نیز بایستی مد نظر قرار گرفته شود.