Unterstützt wird er durch die Position des sogenannten Deputy High Commissioner (stellvertretender Hochkommissar) und durch die zwei Assistant High Commissioners for Protection and Operations (beigeordnete Hochkommissare für Flüchtlingsschutz und Einsätze).

In einem jährlichen Bericht werden die UN-Generalversammlung und ECOSOC vom Flüchtlingshochkommissar über die Arbeit von UNHCR informiert.

Das UNHCR-Exekutivkomitee ist das Leitungsgremium von UNHCR. Es überprüft und genehmigt das jährliche Budget sowie die Programme des Flüchtlingshochkommissars. Das Exekutivkomitee besteht aus 102 RegierungsvertreterInnen, die aus den Ländern der Vereinten Nationen entsendet werden. Auch die Schweiz ist seit der Gründung des Exekutivkomitees darin vertreten, und war davor schon Teil des Beratungsgremiums. Neben seiner Kontrollfunktion steht das Komitee dem Flüchtlingshochkommissar in Fragen des internationalen Schutzes auch in beratender Funktion zur Seite. Ausserdem verabschiedet das Komitee auch Resolutionen im Bereich des Flüchtlingsschutzes und in den anderen Bereichen des UNHCR Mandats. 

Das Mandat des UN-Flüchtlingshochkommissariats ist in den UNHCR Statuten von 1950 festgelegt und wurde wegen der steigenden Zahl an Flüchtlingen von der UN-Generalversammlung alle fünf Jahre verlängert. 2003 wurde UNHCR ein unbeschränktes Mandat verliehen, das bis zu jenem Zeitpunkt besteht, zu dem „das Flüchtlingsproblem gelöst ist.“

UNHCR wird hauptsächlich durch freiwillige Beiträge von Regierungen, zwischenstaatlichen Akteuren, dem UN-Nothilfefonds CERF aber auch von Stiftungen und Privatpersonen finanziert. Mit 86 Prozent kommt der grösste Beitrag von Regierungen und der Europäischen Union. Drei Prozent entfallen auf zwischenstaatliche Akteure und Fonds und weitere zehn Prozent kommt aus dem privaten Sektor. Zudem steht ein begrenzter Betrag – ein Prozent – aus dem regulären UN-Budget für Verwaltungszwecke zur Verfügung.

Um seine Aufgaben für den internationalen Flüchtlingsschutz vollständig erfüllen zu können, legte UNHCR für 2020 einen Finanzbedarf von 9,1 Milliarden US-Dollar fest. Die durch die Geber tatsächlich zur Verfügung gestellten Geldmittel waren aber weitaus geringer. Aufgrund der vielen Konflikte weltweit wird es immer schwieriger, die nötigen Mittel zu beschaffen, damit UNHCR auch finanziell in der Lage ist, der steigenden Zahl von Flüchtlingen, Binnenvertriebenen, Asylsuchenden und Staatenlosen zu helfen.

Die Schweiz gehörte in den letzten Jahren zu den wichtigsten Geberstaaten des UNHCR und trug 2019 rund 41,7 Millionen US-Dollar zum Budget der Organisation bei. Liechtenstein hat seinerseits die Arbeit des UNHCR mit einem Beitrag von rund 403.226 US-Dollar im Jahr 2019 unterstützt.