شرکا
اداره امور اتباع و مهاجرین خارجی (BAFIA) همتای دولتی اصلی کمیساریا در ایران است. کمیساریا با شرکای دیگری نیز تفاهمنامه همکاری سه جانبه دارد. دولت جمهوری اسلامی ایران، کمیساریا و شرکای ملی و بین المللی، کمک های خود به پناهندگان افغانستانی را تحت لقای چارچوبی منطقه ای چندساله معروف به راه حل های راهبردی برای پناهندگان افغانستانی استوار کرده اند. کمیساریا و اداره امور اتباع و مهاجرین خارجی هرساله جلسات هماهنگی مشترکی را برای گفتگو و بررسی عملکرد و پیشرفت در راستای اهداف راهبردی و به اشتراک گذاری گزارش اولویت ها برگزار می کنند.
شرکای دولتی
- وزارت آموزش و پرورش
- سازمان نهضت سوادآموزی
- وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی
- سازمان بهزیستی کشور
- سازمان آموزش فنی و حرفهای کشور
- سازمان بیمه سلامت ایران
شرکای اجرایی
- سازمانهای مردم نهاد داخلی : انجمن حمایت از زنان و کودکان پناهنده(حامی)، موسسه خیریه حمایت ازکودکان مبتلا به سرطان(محک)، جمعیت حمایت از بهبودیافتگان، جمعیت خیریه تولد دوباره، بنیاد بین الملل امداد جهان، زنجیره امید، موسسه کنشگران توسعه پارس،انجمن ارتقای کیفیت زندگی ایرانیان (ایلیا)، گروه فرهنگی اجتماعی کیانا، بنیاد علمی و فرهنگی کوثر.
- آژانس های سازمان ملل و سازمان های بین المللی: کمیساریا همچنین زیر چتر راه حلهای راهبردی برای پناهندگان افغانستانی (SSAR) با تعدادی از آژانسهای سازمان ملل، برخی سازمانهای مردم نهاد و سازمانهای بینالمللی دیگر نیز همکاری میکند. کمیساریا در سال 2019 میلادی نیز همکاری خود با شرکا و اجرای فعالیت های مشترک با آنها را ادامه می دهد.
حامیان مالی
کمیساریا از حمایتهای حیاتی اهدا کنندگانی که به این سازمان در ایران کمک نمودهاند و اهداکنندگانی که به بواسطه وجوه اختصاص داده شده به پروژه های خاص و بودجه عمومی به برنامههای کمیساریا کمک کرده اند، قدردانی می کند.
حامیان مالی که در سال 2019 کمک های مالی اختصاص داده شده به پروژه های خاص را فراهم کرده اند:
اتحادیه اروپا، آلمان، دانمارک، جمهوری کره، استرالیا، ژاپن، نروژ، صندوق مرکزی پاسخ به بحران، روسیه، کویت، برنامه سازمان ملل متحد در زمینه اچ.آی.وی/ ایدز، اهداکنندگان بخش خصوصی