کمیساریا در ارائه خدمات بهداشتی اولیه رایگان با وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دولت جمهوری اسلامی ایران به تمامی پناهندگان، در سطحی مشابه با ایرانیان، مشارکت می‌کند.

این خدمات شامل واکسیناسیون، بهداشت باروری، نظارت‌های قبل و پس از زایمان، سلامت مادر و فرزند، ارائه داروهای ضروری و تنظیم خانواده در خانه‌های بهداشت واقع در مناطق با جمعیت پناهنده بالا می‌باشند.

کمیساریا همچنین از وزارت بهداشت در زمینه زیرساخت‌های مراقبت‌های بهداشتی اولیه شامل ساخت و بازسازی مراکز بهداشتی درمانی نیز حمایت می‌کند. در حال حاضر، پرسنل مراقبت‌های ضروری درمانی شاغل در 27 مرکز درمانی تحت حمایت کمیساریا، از پشتیبانی خاص این سازمان برخوردارند.

کمیساریا در راستای افزایش گستره پوشش حمایت خود با با شرکای خود در زمینه سلامت همکاری می‌کند. این پروژه‌های مشترک شامل ارجاع درمانی و خدمات کاهش آسیب و بازپروری هستند.