Το Γραφείο της Ύπατης Αρμοστείας του ΟΗΕ για τους Πρόσφυγες στην Ελλάδα λειτουργεί από το Μάρτιο του 1952. Συνεργάζεται με τις κρατικές αρχές, μη κυβερνητικές οργανώσεις και άλλους φορείς με στόχο τη διασφάλιση της προστασίας των προσφύγων και των αιτούντων άσυλο. Προσπαθεί επίσης να ενημερώνει και να ευαισθητοποιεί την κοινή γνώμη γύρω από το προσφυγικό ζήτημα με στόχο τη δημιουργία κλίματος ανοχής και σεβασμού των δικαιωμάτων των προσφύγων.
Η δράση της Ύπατης Αρμοστείας στην Ελλάδα, όπως και στις άλλες χώρες της Ε.Ε., είναι κυρίως συμβουλευτική και συνδρομής στην εκάστοτε κυβέρνηση, ώστε να αναπτυχθεί και να ενδυναμωθεί με τρόπο αποτελεσματικό ένα σύστημα προστασίας για τους πρόσφυγες. Το 2015, ωστόσο, εξαιτίας των αυξημένων προσφυγικών ροών που δέχτηκε η χώρα, σε συνδυασμό με την οικονομική κρίση, οι ελληνικές αρχές και η Ε.Ε. ζήτησαν τη βοήθεια της Ύπατης Αρμοστείας για την αντιμετώπιση αυτής της επείγουσας κατάστασης.
Έτσι, από το καλοκαίρι του 2015, η Ύπατη Αρμοστεία ενδυνάμωσε το προσωπικό και την παρουσία της στα βασικά σημεία εισόδου (νησιά Αιγαίου) αλλά και στην ενδοχώρα. Ανέλαβε να στηρίξει πιο δυναμικά υπηρεσίες σε τομείς που καλύπτονται, κατ’ αρχήν, από το κράτος, όπως στη διανομή ειδών πρώτης ανάγκης στους πρόσφυγες, τη βελτίωση των καταλυμάτων και των υποδομών, την παροχή υπηρεσιών προστασίας προς τους πλέον ευάλωτους, την παροχή ενημέρωσης, διερμηνείας και ψυχοκοινωνικής υποστήριξης, καθώς και παρεμβάσεις στους τομείς της υγείας και της εκπαίδευσης. Επίσης, η Ύπατη Αρμοστεία στην Ελλάδα συνεργάζεται με την ελληνική κυβέρνηση, την τοπική αυτοδιοίκηση και μη κυβερνητικές οργανώσεις για την παροχή στέγασης σε διαμερίσματα και τη στήριξη μέσω προπληρωμένων καρτών των αιτούντων άσυλο στην Ελλάδα.
Από το 2017, με τη μείωση των προσφυγικών ροών και τη μετάβαση από μία κατάσταση έκτακτης ανάγκης σε ένα σύστημα πιο σταθερό και πιο βιώσιμο, η Ύπατη Αρμοστεία μειώνει σταδιακά την «επιχειρησιακή» της δράση, καθώς εθνικοί φορείς έχουν πλέον αναλάβει το μεγαλύτερο μέρος της παροχής υπηρεσιών προς τους πρόσφυγες και τους αιτούντες άσυλο. Μαζί με τους εταίρους της, η Ύπατη Αρμοστεία συνεχίζει να στηρίζει τις ελληνικές αρχές για την παροχή βοήθειας, προστασίας και την εξεύρεση λύσεων για τους πρόσφυγες στην Ελλάδα.
Σήμερα, η Ύπατη Αρμοστεία του ΟΗΕ για τους Πρόσφυγες στην Ελλάδα, με περίπου 330 μέλη προσωπικού, έχει παρουσία στην Αθήνα, τη Θεσσαλονίκη, τα Ιωάννινα και τον Έβρο, καθώς και στα νησιά της Λέσβου, της Χίου, της Σάμου, της Λέρου, της Κω και της Ρόδου.
