Agenţia pentru refugiaţi ONU este guvernată de Adunarea Generală UN şi de către Consiliul Economic şi Social (ECOSOC). Programele bi-anuale ale agenţiei şi bugetul corespunzător sunt aprobate de către Comitetul Executiv UNHCR, în prezent compus din 98 de membrii. Programele şi bugetul sunt prezentate de către Înaltul Comisar, în prezent Filippo Grandi, numit în funcţie de Adunarea Generală a ONU.
Mandatul UNHCR este definit de Statutul UNHCR din 1950. În 2003, Adunarea Generală a extins mandatul organizaţiei pentru o perioadă nedefinită, “până când problema refugiaţilor va fi rezolvată.” Înaltul Comisar prezintă anual în fața ECOSOC şi Adunării Generale un raport despre munca UNHCR-ului.
Ca şef al organizaţiei, Înaltul Comisar este responsabil pentru direcţionarea şi controlul UNHCR-ului. El sau ea va direcţiona munca agenţiei cu asistenţa Înaltului Comisar Deputat şi a Înaltului Comisar Asistent pentru Operaţiunile de Protecţie.
Agenţia are aproximativ 9.700 de angajaţi naţionali şi internaţionali care lucrează în peste 126 de ţări.
Majoritatea operaţiunilor UNHCR se desfășoară pe teren. La nivel mondial, operațiunea a devenit foarte complexă, variind de la recrutarea noilor angajați și asigurarea siguranței acestora în situații periculoase, până la procurarea a orice, de la materiale medicale și transporturi de produse alimentare în vrac, la închirierea de aeronave în vederea transportului de mărfuri. Departamente specifice, majoritatea localizate în sediul de la Geneva, supraveghează aspecte-cheie, cum ar fi operațiuni, protecție, relații externe, resurse umane și finanțe. Un număr de birouri regionale fac legătura între birourile de peste mări și sediul principal.
Pe teren, activitatea centrală a UNHCR este administrată dintr-o serie de birouri regionale, filiale, sub-birouri și birouri de teren. Reprezentanții Înaltului Comisar pilotează operațiunile în țările în care agenția își desfășoară activitatea, existând și o serie de reprezentanți regionali.