UNHCR telah berdiri di Indonesia sejak tahun 1979, saat ini berkantor pusat di Jakarta dan memiliki perwakilan di Medan, Tanjung Pinang, Surabaya, Makassar, Kupang dan Pontianak.
Pada awal berdirinya, aktivitas UNHCR berfokus pada penanganan kedatangan kapal pengungsi Vietnam dalam jumlah besar, seperti yang termaktub dalam Comprehensive Plan of Action (CPA), sebuah rencana aksi yang dicetuskan pada 14 Juni 1989 oleh negara-negara anggota yang mengikuti Konferensi Internasional tentang Pengungsi Indo-Cina.
Adapun tanggung jawab khusus UNHCR dalam menangani pengungsi Indo-Cina dirumuskan dalam CPA tersebut. Pada tahun 1979, pemerintah Indonesia memberikan otorisasi untuk pendirian kamp pengungsian di Pulau Galang, yang mengakomodir lebih dari 170,000 pengungsi hingga pada saat kamp tersebut ditutup pada tahun 1996.
Indonesia belum menjadi Negara Pihak dari Konvensi 1951 tentang Status Pengungsi dan Protokol 1967, dan belum memiliki sebuah sistem penentuan status pengungsi. Dengan demikian, pemerintah memberikan kewenangan kepada UNHCR untuk menjalankan mandat perlindungan pengungsi dan untuk menangani permasalahan pengungsi di Indonesia.
Pada tahun 2017, Presiden Republik Indonesia menandatangani Peraturan Presiden Tentang Penanganan Pengungsi dari Luar Negeri. Peraturan Presiden tersebut memuat definisi-definisi utama dan mengatur tentang deteksi, penampungan, serta perlindungan pencari suaka dan pengungsi. Berbagai ketentuan yang ada dalam Peraturan Presiden diperkirakan akan segera diterapkan. Hal ini akan membuat Pemerintah Indonesia dan UNHCR bekerja lebih erat, termasuk di bidang registrasi gabungan untuk pencari suaka.
Berada diantara negara – negara penerima pencari suaka dan pengungsi dalam jumlah besar seperti Malaysia, Thailand dan Australia, secara berkelanjutan Indonesia terkena dampak dari pergerakan populasi tercampur (mixed population movements). Setelah penurunan jumlah di akhir tahun 1990-an, jumlah kedatangan pencari suaka ke Indonesia kembali meningkat di tahun 2000, 2001 dan 2002. Meskipun jumlah kedatangan kemudian menurun lagi pada tahun 2003 – 2008, tren kedatangan kembali meningkat di tahun 2009 dengan jumlah 3,230 orang meminta perlindungan melalui UNHCR. Saat ini mayoritas pencari suaka tersebut datang dari from Afghanistan dan Somalia. (Data kedatangan pencari suaka yang mendaftarkan diri di UNHCR dari tahun ke tahun: 385 di tahun 2008; 3,230 pada tahun 2009; 3,905 pada tahun 2010; 4,052 di tahun 2011, 7,223 di tahun 2012; 8,332 di tahun 2013;5,659 di tahun 2014; 4,426 di tahun 2015; 3,112 di tahun 2016).
Perlindungan yang diberikan UNHCR, dimulai dengan memastikan bahwa pengungsi dan pencari suaka terlindung dari refoulement (yakni perlindungan dari pemulangan kembali secara paksa ke tempat asal mereka di mana hidup atau kebebasan mereka terancam bahaya atau penganiayaan). Perlindungan pengungsi lebih jauh mencakup proses verifikasi identitas pencari suaka dan pengungsi agar mereka dapat terdaftar dan dokumentasi individual dapat dikeluarkan. Pencari suaka yang telah terdaftar kemudian dapat mengajukan permohonan status pengungsi melalui prosedur penilaian yang mendalam oleh UNHCR, yang disebut sebagai Penentuan Status Pengungsi atau Refugee Status Determination (RSD). Prosedur ini memberikan kesempatan kepada para pencari suaka secara individual untuk diinterview dalam bahasa ibu mereka oleh seorang staf RSD dan dibantu oleh seorang penerjemah ahli, yang akan menilai keabsahan permintaan perlindungan yang diajukan. Selanjutnya pencari suaka akan diberikan keputusan, apakah status pengungsi diberikan atau tidak kepadanya, beserta dengan alasannya. Apabila permintaan untuk perlindungan ditolak, prosedur dalam RSD memberlakukan satu kesempatan untuk pengajuan ulang (banding). Bagi mereka yang mendapatkan status pengungsi, UNHCR akan mencarikan satu dari tiga solusi jangka panjang yang memungkinkan: penempatan di negara ketiga, pemulangan sukarela (apabila konflik di daerah asal sudah berakhir) atau integrasi lokal. Pencarian sebuah solusi jangka panjang yang layak bagi setiap pengungsi merupakan sebuah proses yang melibatkan berbagai pertimbangan mengenai situasi dan kondisi individu serta keluarga. Solusi yang dicari adalah solusi yang sesuai dengan kebutuhan dari masing-masing pengungsi.
Saat ini, UNHCR memiliki lebih dari 65 staf di Indonesia. Sampai dengan akhir Desember 2017, sebanyak 13,840 pengungsi terdaftar di UNHCR secara kumulatif dan datang dari Afghanistan (55%), Somalia (11%) dan Iraq (6%).