Leta 1954 je Agencija ZN za begunce prejela Nobelovo nagrado za mir, kot priznanje za izjemen prispevek k izboljšanju položaja beguncev v Evropi. Vendar se je nedolgo zatem že soočala z novo krizo.
Leta 1956, v času madžarske revolucije, se je 200,000 ljudi zateklo v sosednjo Avstrijo. UNHCR jim je priznal status prima facie beguncev ter igral vodilno vlogo v prizadevanjih za njihovo preselitev. Vstaja na Madžarskem in njene posledice so imeli ključno vlogo pri oblikovanju odzivov humanitarnih organizacij na prihodnje begunske krize.
Dekolonizacija Afrike v šestdesetih letih prejšnjega stoletja je povzročila prvo večjo begunsko krizo na afriškem kontinentu. V naslednjih dveh desetletjih je UNHCR pomagal več tisoč razseljenim osebam v Aziji in Južni Ameriki. Leta 1981 je organizacija prejela še drugo Nobelovo nagrado za mir za pomoč beguncem po vsem svetu.
V začetku 21. stoletja je UNHCR pomagal pri reševanju velikih begunskih kriz v Afriki, Aziji in na Bližnjem Vzhodu. S svojim strokovnim znanjem je UNHCR pomagal številnim osebam, ki so bile zaradi konfliktov notranje razseljene, ter razširil svojo vlogo pri nudenju pomoči osebam brez državljanstva. V nekaterih predelih sveta, na primer v Afriki in Južni Ameriki, je bil prvotni mandat UNHCR iz leta 1951 nadgrajen s sporazumi, ki so se nanašali na instrumente pravne zaščite v regiji.
UNHCR zaposluje 10,800 oseb, ki so dejavni v 128 državah. Proračun organizacije, ki je v prvem letu delovanja znašal 300,000 ameriških dolarjev, se je do leta 2016 povečal na 6.54 milijard ameriških dolarjev.
Leta 2015 je UNHCR obeležil 65. obletnico svojega delovanja. Od začetka svoje ustanovitve je UNHCR pomagal več kot 50 milijonom beguncev, da so znova zaživeli.