Nekateri begunci se ne morejo ali nočejo vrniti v matično državo, ker bi se v primeru vrnitve morali ponovno soočiti s preganjanjem. Obenem pa morajo številni begunci živeti v nevarnih razmerah, ali pa imajo posebne potrebe, ki jih ne morejo zadovoljiti v državi, kjer so prvič zaprosili za azil.
UNHCR v takih primerih pomaga pri preselitvi beguncev v tretjo državo, ko je to edina varna in trajna rešitev. Približno en odstotek vseh beguncev na svetu se preseli s pomočjo organizacije UNHCR. Država, v katero se preselijo, beguncem nudi pravno in fizično zaščito ter jim zagotovi civilne, politične, ekonomske, socialne in kulturne pravice, podobne pravicam, kot jih uživajo njeni državljani. Begunci, ki se preselijo v tretjo državo, bi morali imeti tudi možnost, da postanejo naturalizirani državljani te države v prihodnosti.
Preselitev je izkušnja, ki spremeni življenje. Predstavlja zahteven izziv, vendar je to tudi nagrajujoča izkušnja. Begunci so pogosto preseljeni v državo, katere kultura, jezik in navade prebivalcev beguncem predstavljajo nekaj popolnoma novega. Podpora pri sprejemu beguncev in njihovi integraciji prinaša koristi tako beguncem kot tudi državi gostiteljici. Vladne ustanove in nevladne organizacije zato izvajajo določene storitve, da bi spodbudile vključevanje beguncev. Med te storitve med drugim spadajo: kulturna orientacija, jezikovni tečaji, poklicno usposabljanjo ter izvajanje programov za izboljševanje dostopa beguncev do izobraževanja in zaposlitve.
Trenutno v UNHCR-jevem programu za preselitve sodeluje le nekaj držav. ZDA sprejmejo na podlagi preselitev največ beguncev na svetu, sledijo jim Avstralija, Kanada in nordijske države, ki v vlogi držav preselitve vsako leto prav tako ponudijo zavetje številnim beguncem. V zadnjih letih se je povečalo število evropskih in južnoameriških držav, ki so se vključile v program za preselitve.
Regionalno predstavništvo UNHCR za srednjo Evropo spodbuja države v njegovi pristojnosti k sodelovanju pri aktivnostih preselitve. Nekatere izmed teh držav so že začele delovati v tej smeri.
Romunija in Slovaška sta tako odprli evakuacijska tranzitna centra v Temišvaru (Romunija) in v Humenne (Slovaška), ki nudita zatočišče beguncem, katerih življenje bi bilo lahko ogroženo v prvi sprejemni državi. Medtem ko ti begunci čakajo na preselitev v tretjo državo, jim je omogočeno bivanje v varnem in mirnem okolju, kjer so jim na voljo tudi pomoč in podpora v obliki storitev. Poleg tega so tranzitni centri primerno okolje za opravljanje intervjujev, za katere so pristojni predstavniki tretjih držav – torej držav, kamor se bodo begunci preselili. V centrih begunci obiskujejo tudi jezikovne tečaje in delavnice, na katerih se seznanijo s kulturo tretje sprejemne države.
Delovanje teh dveh centrov sofinancira UNHCR ter nudi strokovno svetovanje s področja upravljanja in zaščite.
Obenem UNHCR v srednji Evropi sodeluje tudi v projektu EUREMA, katerega namen je preseljevanje oseb s priznanim statusom begunca iz Malte v druge države članice EU.