Osnovni namen delovanja UNHCR je ščitenje pravic in dobrobiti beguncev. Agencija si prizadeva, da bi lahko vsak ogrožen posameznik uveljavil pravico do azila in si poiskal varno zatočišče v drugi državi ali imel možnost prostovoljne vrnitve v domovino.
Včasih se begunci ne morejo vrniti v domovino ali pa ne morejo ostati v prvi sprejemni državi. Za to skupino ljudi, ki jo sestavljajo moški, ženske in otroci, si UNHCR prizadeva najti drugačno trajno rešitev – to je preselitev v tretjo državo, kjer si bodo lahko ustvarili novo življenje.
V mandat agencije spada tudi preprečevanje apatridnosti (odsotnost državljanstva) in zmanjševanje števila oseb brez državljanstva. Poleg temeljih dejavnosti, katerih namen je zagotoviti pomoč beguncem, UNHCR nudi podporo tudi beguncem, ki so se vrnili v domovino, ter notranje razseljenim osebam.
UNHCR posveča posebno pozornost potrebam najbolj ranljivih skupin ljudi po svetu ter spodbuja enake možnosti žensk in deklic v družbi.