УВКБ ООН тісно співпрацює з іншими агентствами ООН в Україні з метою надання захисту та допомоги підмандатним особам, а також знаходження довгострокових рішень. УВКБ ООН бере активну участь у діяльності Групи установ ООН в Україні та Групи організацій в Україні, які займаються гуманітарними питаннями. УВКБ ООН також керує двома кластерами (Кластером з питань захисту та Кластером з питань житла та НПТ) та приймає участь у підготовці матеріалів для щорічних Огляду гуманітарних потреб і Плану гуманітарного реагування.
Нещодавно, разом із Офісом ООН з координації гуманітарних питань (ОКГП ООН), УВКБ ООН прийняло від Всесвітньої продовольчої програми ООН (ВПП) обов’язки, які раніше виконувалися Кластером з питань логістики.
УВКБ ООН також включило свої головні програми та проекти до Рамкової програми партнерства, загальної рамкової угоди про партнерство між Урядом України та ООН на 2018-2022 роки. Разом з Міжнародною організацією з міграції (МОМ) УВКБ ООН координує реалізацію Компоненту 4 Рамкової програми партнерства у сферах безпеки людини, соціальної згуртованості та відновлення, приділяючи особливу увагу ситуації на сході України. З метою узгодження гуманітарної діяльності УВКБ ООН із діяльністю у сфері відновлення та розвитку на сході України, УВКБ ООН в Україні спільно з трьома організаціями у сфері розвитку (Продовольча та сільськогосподарська програма в Україні, Міжнародна організація праці та Всесвітня організація охорони здоров’я) працює над створенням регіональної програми відновлення на підконтрольній уряду території Донецької області.
В рамках реалізації Програми сталого розвитку до 2030 року, яка ставить на меті «врахувати інтереси кожного», ключове значення має залучення біженців, ВПО та осіб без громадянства до планування програм розвитку. У цьому зв’язку, УВКБ ООН підтримує зусилля Групи установ ООН в Україні в напрямку досягнення Цілей сталого розвитку в Україні.