Di Indonesia, seperti juga di negara lain, UNHCR hanya memberikan perlindungan dan bantuan bagi IDPs apabila diminta oleh pemerintah, seperti pada saat bencana tsunami di Aceh dan Nias pada tahun 2004. Pada saat krisis tersebut, UNHCR diminta oleh pemerintah Indonesia untuk membantu lebih dari 200,000 orang Indonesia yang harus mengungsi ke daerah lain yang lebih aman (namun tetap di dalam Indonesia).
Pada saat ini, tidak ada pengungsi internal yang sedang dibantu oleh UNHCR di Indonesia.