聯合國難民署由聯合國大會及聯合國經濟暨社會理事會(ECOSOC)共同監管。難民署現任的高級專員為 菲利普・格蘭迪先生（Filippo Grandi），由聯合國大會委任。而聯合國難民署行政委會員，則專責批核署方的項目及相關預算 。
聯合國難民署在全球的工作繁複，且大部分均在前線進行。除了保護難民外，聯合國難民署亦同時要確保員工在高危地區工作的安全，且全面安排醫療用品採購，以及糧食的海陸運送。
難民署負責監督執行、保護、外交事務、人力資源及財政的行政部門均設在日內瓦總部，並由不同區域的辦事處協助管理工作。
聯合國難民署現時全球擁有11,517名員工，分駐於128個國家的區域辦事處、分支辦事處及前線辦事處，進行各類核心工作。