Unterstützt wird er durch die Position des sogenannten Deputy High Commissioner (stellvertretender Hochkommissar) und durch die zwei Assistant High Commissioners for Protection and Operations (beigeordnete Hochkommissare für Flüchtlingsschutz und Einsätze)
In einem jährlichen Bericht werden die UN-Generalversammlung und ECOSOC vom Flüchtlingskommissar über die Arbeit von UNHCR informiert.
Das UNHCR-Exekutivkomitee ist das Leitungsgremium von UNHCR. Es überprüft und genehmigt das jährliche Budget sowie die Programme des Flüchtlingskommissars. Das Exekutivkomitee besteht aus 87 RegierungsvertreterInnen, die aus den Ländern der Vereinten Nationen entsendet werden. Neben seiner Kontrollfunktion steht das Komitee dem Flüchtlingskommissar in Fragen des internationalen Schutzes auch in beratender Funktion zur Seite.
Das Mandat des UN-Flüchtlingskommissariats ist in den UNHCR Statuten von 1950 festgelegt und wurde wegen der steigenden Zahl an Flüchtlingen von der UN-Generalversammlung alle fünf Jahre verlängert. 2003 wurde UNHCR ein unbeschränktes Mandat verliehen, das bis zu jenem Zeitpunkt besteht, zu dem „das Flüchtlingsproblem gelöst ist.“
UNHCR wird hauptsächlich durch freiwillige Beiträge von Regierungen, zwischenstaatlichen Akteuren, dem UN-Nothilfefonds CERF aber auch von Stiftungen und Privatpersonen finanziert. Mit 86 Prozent kommt der größte Beitrag von Regierungen und der Europäische Union. Sechs Prozent entfallen auf zwischenstaatliche Akteure und Fonds und weitere sechs Prozent kommt aus dem privaten Sektor. Zudem steht ein begrenzter Betrag – zwei Prozent – aus dem regulären UN-Budget für Verwaltungszwecke zur Verfügung.
Um seine Aufgaben für den internationalen Flüchtlingsschutz vollständig erfüllen zu können, legte UNHCR für 2016 einen Finanzbedarf von 7,5 Milliarden US-Dollar fest. Die durch die Geber tatsächlich zur Verfügung gestellten Geldmittel waren aber weitaus geringer. Aufgrund der vielen Konflikte weltweit wird es immer schwieriger die nötigen Mittel zu beschaffen, damit UNHCR auch finanziell in der Lage ist, der steigenden Zahl von Flüchtlingen, Binnenvertriebenen, Asylsuchenden und Staatenlosen zu helfen.
Private Spenden aus Österreich können direkt als Einzelspenden an UNHCR Österreich überwiesen werden, Online-Spenden sind auch über den Verein UNO-Flüchtlingshilfe in Deutschland möglich. 2015 konnten die Bonner Kollegen die Arbeit von UNHCR mit insgesamt rund 18,5 Millionen Euro in insgesamt 25 Projekten unterstützen und tatkräftig dazu beitragen, die Lebensbedingungen zahlreicher Flüchtlinge erträglicher zu gestalten.