De VN-vluchtelingenorganisatie werd kort na de Tweede Wereldoorlog opgericht om de door het conflict ontheemde slachtoffers in Europa te helpen. UNHCR werd meer bepaald op 14 december 1950 door de Algemene Vergadering van de Verenigde Naties in het leven geroepen.
Het Verdrag van de Verenigde Naties betreffende de status van vluchtelingen, meer algemeen bekend als het Vluchtelingenverdrag, dat de rechtsgrondslag vormt voor de internationale bescherming van vluchtelingen, werd op 28 juli 1951 aangenomen.
In 1956 beleefde UNHCR zijn eerste echte vuurdoop wanneer de Hongaarse opstand door Sovjettroepen werd neergeslagen en de Hongaren massaal op de vlucht sloegen. Sindsdien werden het nut en het belang van UNHCR nooit meer in twijfel getrokken.
In de jaren 1960 gaf de dekolonisatie van Afrika aanleiding tot de eerste vluchtelingencrisis op het Afrikaanse continent waarbij de hulp van UNHCR werd ingeroepen, waarna de ene crisis de andere in sneltempo opvolgde. In de twee daaropvolgende decennia ving de organisatie de ontheemde bevolking in Afrika, Azië en Latijns-Amerika op. In bepaalde gebieden in de wereld, zoals in Afrika en in Latijns-Amerika, werd het oorspronkelijke UNHCR-mandaat van 1951 kracht bijgezet met de ondertekening van akkoorden die een regionaal wettelijk kader uittekenden.
Op het einde van de 20ste eeuw stak het vluchtelingenprobleem opnieuw de kop op in Afrika en dreven de Balkanoorlogen burgers massaal naar Europa.
In het begin van de 21ste eeuw bood UNHCR hulp tijdens de schrijnende vluchtelingencrisissen in Afrika, onder meer in de Democratische Republiek Congo en in Somalië, maar ook in Azië, waar Afghaanse vluchtelingen de grootste bevolking in de wereld vormen in langdurige verplaatsing. Tot 96 procent van de Afghaanse vluchtelingen woont in twee landen die grenzen aan Afghanistan: de Islamitische Republiek Iran en Pakistan, die al meer dan dertig jaar Afghaanse vluchtelingen ruimschoots ontvangen.
Daarnaast werd UNHCR ingeschakeld om hulp te verlenen aan tal van ontheemden die in hun eigen land, verscheurd door conflict, een veilig toevluchtsoord zoeken. Meer achter de schermen breidde de organisatie haar rol uit door ook hulp te verlenen aan staatlozen, die grotendeels aan hun lot werden overgelaten. Miljoenen mensen dreigden immers hun fundamentele rechten te verliezen, enkel en alleen omdat ze geen nationaliteit hebben.