Mandát UNHCR je definovaný Štatútom UNHCR z roku 1950. Pôvodne bola agentúra UNHCR zriadená s trojročným mandátom za účelom pomoci európskym utečencom presídleným počas druhej svetovej vojny. Tento trend však naďalej pokračoval a stal sa pretrvávajúcim problémom nasledujúcich desaťročí. Agentúra UNHCR tak bola nútená svoj mandát obnovovať pravidelne po niekoľkých rokoch. Nakoniec v roku 2003 bola táto povinnosť Valným zhromaždením definitívne zrušená a mandát jej bol udelený na dobu neurčitú, “dovtedy, kým sa problém s utečencami nevyrieši”.
Vysoký komisár ako hlava organizácie je zodpovedný za jej riadenie a kontrolu. Riadi činnosť agentúry s pomocou svojho zástupcu a asistenta pre ochranu a operácie. Vysoký komisár predkladá každý rok výročnú správu o činnosti UNHCR Valnému zhromaždeniu a Hospodárskej a sociálnej rade.
Agentúra zamestnáva približne 10700 pracovníkov, ktorí pracujú na národnej aj medzinárodnej úrovni vo viac ako 125-tich krajinách sveta. Väčšina operácií UNHCR prebieha v teréne a je riadená na rôznych úrovniach od regionálnych cez zastupiteľské úrady až po úrady priamo v teréne, častokrát umiestnené vo veľmi odľahlých oblastiach. Operácie v jednotlivých krajinách vedú zástupcovia Vysokého komisára. Vo svete už pracuje aj niekoľko regionálnych zástupcov, ktorí riadia operácie v konkrétnom regióne. Takým regiónom je napríklad stredná Európa, ktorej regionálne zastupiteľstvo zastrešuje niekoľko krajín.
V priebehu niekoľkých desaťročí sa operácie UNHCR stali komplexným procesom od zamestnávania nových pracovníkov a zaisťovania ich bezpečnosti v zložitých situáciách, až po zaobstarávanie zdravotných pomôcok a letecké hromadné dodávky jedla. Konkrétne oddelenia, najmä v ústredí UNHCR v Ženeve, dohliadajú na kľúčové oblasti, napr. na jednotlivé operácie, právnu ochranu, vonkajšie vzťahy, ľudské zdroje a financie.
Regionálne úrady sa tak stávajú medzičlánkom spolupráce medzi ústredím a národnými úradomi v jednotlivých krajinách.