UNHCR a colaborat cu ONG-urile de când am început să ajutăm persoanele deplasate forțat la începutul anilor ’50. Pe măsură ce munca și dimensiunea noastră s-au extins pentru a răspunde crizelor recente ale refugiaților în anii 1960, 1970 și 1980, în special în Africa, Asia și America Centrală,la fel s-au strâns si relațiile noastre cu o gamă largă de ONG-uri.
Printre parteneri de implementare a UNHCR România, menționăm CNRR; JRS Romania; AIDRom( Centrul de Tranzit în Regim de Urgenţă Timişoara).