Kantor pusat UNHCR di Indonesia terletak di Jakarta.
Disamping itu, UNHCR juga memiliki 14 orang staf di Medan, Tanjung Pinang, Pekanbaru, Surabaya, Makassar, dan Kupang.
Bekerjasama dengan kantor imigrasi dan mitra lainnya, UNHCR melaksanakan mandatnya memberikan perlindungan dan bantuan dalam 13 rumah detensi kantor imigrasi di mana sejumlah pengungsi dan pencari suaka berada selama mereka menanti keputusan mengenai status mereka.