El ACNUR se rige por la Asamblea General de las Naciones Unidas y el Consejo Económico y Social (ECOSOC).
El Comité Ejecutivo del ACNUR aprueba los programas bianuales del ACNUR y su correspondiente presupuesto. Estos son presentados por el Alto Comisionado, que es nombrado por la Asamblea General de las Naciones Unidas.
El mandato del ACNUR está definido en el Estatuto del ACNUR de 1950. En el 2003, la Asamblea General de la ONU extendió el mandato del Alto Comisionado “hasta que se resuelva el problema de los refugiados”. El Alto Comisionado reporta anualmente a la Asamblea General y el ECOSOC sobre las labores del ACNUR.
El Alto Comisionado es responsable por la dirección y control del ACNUR y cuenta para ello con la ayuda de la Alta Comisionada Adjunta y los Altos Comisionados Auxiliares para la Protección y para las Operaciones.
La Oficina del Inspector General brinda al Alto Comisionado garantía y supervisión independiente de las actividades y operaciones del ACNUR. Esto protege la integridad y mejora la eficiencia de nuestros programas y operaciones. Esto también previene fraudes y abusos a través de auditorías, investigaciones y otros servicios internos de asesoramiento de supervisión.
El ACNUR cuenta con un personal nacional e internacional de más de 10.900 funcionarios que trabajan en 130 países. La mayoría de las actividades del ACNUR se desarrollan en el terreno. La operación en todo el mundo se ha tornado más compleja y comprende desde la contratación de nuevo personal y garantizar su seguridad en situaciones de alto riesgo hasta la compra de todo tipo de insumos, desde suministros médicos y alimentos al por mayor hasta la contratación de aviones chárter. Departamentos específicos, en su mayoría basados en las oficinas centrales del ACNUR en Ginebra, supervisan áreas clave, tales como operaciones, protección, relaciones externas, recursos humanos y finanzas. Un número de oficinas regionales actúan como enlace entre oficinas en el terreno y la sede.