Situacija je nakon završetka petogodišnjeg sukoba rezultirala promjenom aktivnosti UNHCR-a te je Agencija počela tražiti trajna rješenja za tada još uvijek pola milijuna raseljenih osoba. Oko 200,000 izbjeglica iz Bosne ostalo je u Hrvatskoj. Većina izbjeglica hrvatske nacionalnosti dobila je hrvatsko državljanstvo i započela proces postupne lokalne integracije. Međutim , osobe koje nisu imale hrvatsko porijeklo ostale su pod privremenom zaštitom vlasti i zahtijevale daljnju pomoć i rješavanje svoje situacije.
U studenom 1995. potpisan je Erdutski mirovni sporazum, utirući put reintegraciji hrvatskog Podunavlja (istočne Slavonije) koja je i ostvarena 1998. Vijeće sigurnosti je osnovalo "Privremenu upravu UN-a za istočnu Slavoniju, Baranju i Zapadni Srijem" (UNTAES), a UNHCR je aktivno sudjelovao u radu Zajedničkih komisija, preuzimajući glavnu ulogu u omogućavanju i olakšavanju dvosmjernih povrataka u regiji.
___________________
The role of UNHCR after the conflict
The situation after the end of the five-year conflict resulted in a shift of UNHCR's activities, and the Agency began to seek durable solutions for the then still half a million displaced persons. About 200,000 Bosnian refugees remained in Croatia. Most of the refugees who were of Croat ethnicity had obtained Croatian citizenship and began the process of gradual local integration. However, those of non-Croat ethnicity remained under temporary protection by the Government and required further assistance and a solution to their plight.
In November 1995, the Erdut Peace Agreement was signed, paving the way for the re- integration of the Croatian Danube Region (eastern Slavonia), which was accomplished in 1998. The Security Council established the "United Nations Transitory Administration for Eastern Slavonia, Baranja and Western Sirmium" (UNTAES), and UNHCR actively participated in the Joint Implementation Commissions (JICs), taking the lead role in facilitating two-way returns within the region.