聯合國難民署是由聯合國大會及聯合國經濟暨社會理事會(ECOSOC)共同監管的。聯合國難民署行政委會員由78名成員組成的，專責批核兩年一度的項目及相關預算，由聯合國大會委任的高級專員（現任為安東尼奧古特雷斯先生）發表。
根據《1951年關於難民地位公約》， 難民是指有正當理由畏懼由於其種族、宗教、國籍、政治見解或於某一特殊團體遭到迫害，因而逃離了他或她的本國，并由於此畏懼而不能或不願回國的人。
聯合國難民署的任期乃於1950年按難民規約(UNHCR Statute)而訂定。2003年，聯合國大會延長聯合國難民署的任期至「解決所有難民問題為止」。高級專員每年向聯合國經濟暨社會理事會及聯合國大會匯報工作。
作為聯合國難民署的統帥，高級專員負責制定機構的方向及管治的工作。而他/她是在助理高級專員，和保護暨執行事務助理高級專員的襄助下，管轄難民署的工作。 機構現時有超過9,300名員工在123國家內工作。
聯合國難民署大部份的工作均在前線進行的。而全球性的工作日趨複雜，由招募新員工；保證他們在高危地區工作的安全，到各種物品：醫療用品、食品船運及空運採購都包括在內。而大部份特別部門均設在日內瓦總部，負責監督各主要範疇，如執行、保護、外交事務、人力資源及財政。另外，海外職員及總部的聯絡工作由數間區域辦事處負責。前線方面，管理聯合國難民署的核心工作均由數個不同區域的辦事處負責：區域辦事處、分支辦事處及前線辦事處。在聯合國難民署駐國家的辦事處，高級專員代表負責統籌及管理的工作，另設有數名區域代表。
