Samppa Lajunen disputa sa première épreuve de ski de fond à l'âge de deux ans. A cinq ans, il skiait déjà quelque 480km par an. Il rajouta le saut à ski à sa liste d'exploits à l'âge de 9 ans seulement. En 1997, alors qu'il n'avait que 17 ans, Lajunen remporta la Coupe du monde de combiné nordique.
Premier champion olympique pour le sprint
L'année suivante, aux Jeux d'hiver à Nagano, il décrocha une médaille d'argent aussi bien à l'épreuve individuelle que par équipes. Une troisième épreuve de combiné nordique, le sprint, fut ajoutée au programme lors des Jeux d'hiver à Salt Lake City en 2002 et Lajunen profita pleinement de ce programme élargi. Dans l'épreuve individuelle, il prit du retard sur Jaako Tallus dans le saut à ski et il perdit 53 secondes au départ de l'épreuve du 15km. Néanmoins, il se fraya un chemin vers la tête du peloton et remporta la victoire avec une confortable avance. Dans l'épreuve par équipes, Lajunen exécuta les deux meilleurs sauts de la compétition et offrit la victoire à l'équipe finnoise. Il décrocha une troisième médaille d'or au sprint.
