ومن أجل ضمان مراعاة إدارة الحدود لأهمية الحماية، تقوم المفوضية بالتعاون الوثيق مع الوكالة الأوروبية لإدارة التعاون في مجال العمليات على الحدود الخارجية للدول الأعضاء في الاتحاد الأوروبي (فرونتكس) من خلال مكتب للاتصال في وارسو.

وحيث تقوم فرونتكس بتعزيز إدارة الحدود الأوروبية وتنسيقها وتطويرها بما يتسق مع معايير حقوق الإنسان، تقدم المفوضية المشورة والتدريب لمسؤولي الحدود. الأمر الذي يمكنهم من تحديد الأشخاص الذين يحتاجون إلى الحماية ورصد ضحايا الاتجار بالبشر والكشف عن الأشخاص ممن لديهم احتياجات خاصة.