Le Haut Commissaire est responsable de la direction et du contrôle du HCR. Il/elle dirige le travail du HCR avec l’aide du Haut Commissaire adjoint et de Hauts Commissaires assistants chargés de la protection et des opérations.

L’agence dispose d’un personnel local et international de plus de 9 700 personnes dans 126 pays, la plupart des opérations ayant lieu sur le terrain. Le fonctionnement de l’organisation à l’échelle mondiale est devenu extrêmement complexe. Il s’étend du recrutement et de la sécurité du personnel dans des situations dangereuses à l’approvisionnement en tous types de marchandises, du matériel médical à l’affrètement d’avions. Des départements spécifiques, dont la plupart sont basés au siège à Genève, supervisent les secteurs clés comme les opérations, la protection, les relations extérieures, les ressources humaines et les finances. Des bureaux régionaux assurent la liaison entre les bureaux à l’étranger et le siège.