Ένα σημαντικό μέρος του έργου της Ύπατης Αρμοστείας είναι η δράση της στον τομέα της εκπαίδευσης για την ενημέρωση και ευαισθητοποίηση των νέων γύρω από το προσφυγικό ζήτημα. Το Γραφείο στην Ελλάδα διοργανώνει κάθε χρόνο Πανελλήνιο Μαθητικό Διαγωνισμό με θέμα τους Πρόσφυγες, ενώ διαθέτει εκπαιδευτικό υλικό (εγχειρίδια, ενημερωτικά φυλλάδια, video, αφίσες, περιοδικά κ.α.) που βοηθά τους εκπαιδευτικούς να εισάγουν το θέμα των προσφύγων στις σχολικές αίθουσες, εξοικειώνοντας τους μαθητές με τα ανθρώπινα δικαιώματα, τη διαφορετικότητα και τη σημασία της κοινωνικής ένταξης των ξεριζωμένων συνανθρώπων μας.
Παράλληλα, η Ύπατη Αρμοστεία πραγματοποιεί παρουσιάσεις και υλοποιεί προγράμματα σε σχολεία της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, με στόχο να κατανοήσουν οι μαθητές τις αιτίες και τις συνέπειες του ξεριζωμού, τις ανάγκες και τις δυσκολίες που αντιμετωπίζουν όσοι αναγκάζονται να εγκαταλείψουν τις εστίες τους, καταρρίπτοντας στερεότυπα και συμβάλλοντας στην καλλιέργεια κλίματος ανοχής και αλληλεγγύης