خلال العمليات الإنسانية، ينبغي أن تتعاون منظمات الإغاثة في ما بينها إذا أرادت أن تساعد أكبر عدد ممكن من الأفراد بالطريقة الأكثر فعاليةً. لذا، قامت المفوضية بتوضيح طريقة عملها في الميدان من خلال توحيد أفضل ممارساتها في تنسيق الاستجابة لحالات الطوارئ وتقديم المساعدة والحماية. ويرتكز النموذج الجديد على المبادئ التي طورتها اللجنة الدائمة المشتركة بين الوكالات، باعتبارها الآلية الرئيسية للتنسيق المشترك بين الوكالات على صعيد المساعدة الإنسانية، وعلى القيادة والتنسيق والمساءلة مع أخذ الوضع الخاص للاجئين واحتياجات المجتمعات المضيفة لهم بعين الاعتبار.

تقع مسؤولية حماية اللاجئين على البلد المضيف بالدرجة الأولى، بينما تواصل المفوضية علاقتها المباشرة مع الحكومة المضيفة حول كافة المسائل المتعلقة باللاجئين وتشارك في قيادة التخطيط المشترك بين الوكالات لحالات الطوارئ والاستجابة لها. وتشمل العوامل المعيارية لتنسيق جهود مساعدة اللاجئين والحماية، قيادة المفوضية وشركائها لعملية تطوير استراتيجية الحماية والمساعدة وتوفير الحلول، وتشكيل فريق عمليات متعدد القطاعات وفريق عمل معني بالحماية.

وسيساهم اتباع نهج أكثر انتظاماً في عمليات التنسيق التي تنفذها المفوضية، في جعل العمليات أكثر قابليةً للتخطيط وأكثر شمولاً وملاءمةً للشركاء، وفي ضمان حصول اللاجئين والأشخاص الآخرين الذين تعنى بهم المفوضية على المساعدة والحماية التي يحتاجونها.

وفي الحالات التي ينتشر فيها اللاجئون في بلد ما مع غيرهم من المستفيدين من المساعدات الإنسانية أو في مناطق منفصلة جغرافياً، تكمل ترتيبات التنسيق الخاصة باللاجئين التي تتخذها المفوضية النظام العنقودي الذي تتبعه اللجنة الدائمة المشتركة بين الوكالات، مع الحفاظ على استقلالية الاستجابة للاجئين على صعيد المساءلة وتقديم الخدمات والتمويل والحماية الدولية.

وفي أبريل/نيسان من العام 2014، توافق كل من المفوضية ومكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية (أوتشا) على تبسيط ترتيبات التنسيق التي يتبعانها وتوضيحها بهدف تحقيق قدر أكبر من الكفاءة والفعالية في تقديم الخدمات للنازحين قسراً مع تجنب الازدواجية في هذا الإطار.