عملت المفوضية مع المنظمات غير الحكومية منذ أن بدأت بمساعدة المهجرين قسرا في أوائل الخمسينات من القرن الماضي، عندما قامت حوالي 100 من "الجمعيات الطوعية" الوطنية والدولية بمساعدة اللاجئين جراء الحرب العالمية الثانية في أوروبا.

في السنوات الأولى، كان تركيز المفوضية منصباً على النواحي القانونية وليست التشغيلية. كما كانت تعتمد بشكل كبير على المساعدة والتمويل من الحكومات والمنظمات غير الحكومية المنشأة كلجنة هولندا لغوث اللاجئين، الأمر الذي أدى إلى جمع مليون دولار أمريكي لعمل المفوضية في أوروبا.

وبرزت الأزمة الهنغارية عام 1956، عندما فر عشرات آلاف السكان من البلاد هرباً من قمع الاتحاد السوفياتي للتمرد، لتكون أولى حالات الطوارئ الكبرى التي تقوم بها المفوضية. وبوصفها الوكالة الرائدة في تقديم الاغاثة للاجئين، تلقت المفوضية تبرعات هامة من المنظمات غير الحكومية في أوروبا.

وكما نما عمل المفوضية وحجمه للتعامل مع أزمات اللاجئين الناشئة في ستينات وسبعينات وثمانينات القرن الماضي، ولا سيما في إفريقيا وآسيا وأمريكا الوسطى، وكذلك تطورت علاقاتها مع مجموعة واسعة من المنظمات غير الحكومية الإنسانية المتصلة باللاجئين والتي تشكلت حديثا.

وكان معظم هؤلاء الشركاء من أميركا الشمالية وأوروبا، وقد كان لعملهم دور مكمل لعمل المفوضية. وتعتمد المفوضية الآن على المنظمات غير الحكومية للتعاون العملي بدلا من التمويل. وفي أواخر الثمانينات، كان هناك أكثر من 100 منظمة غير حكومية دولية تعمل جنباً إلى جنب مع المفوضية في مخيمات اللاجئين الأفغان في باكستان.

وفي مطلع التسعينات، أدركت المفوضية أن حجم التحديات العالمية تجاوزت قدرتها على الاستجابة. ونظرا للاحتياجات المتزايدة للأشخاص الذين تعنى بهم المفوضية، والتي ضمت النازحين داخلياً والعائدين فضلا عن اللاجئين، أطلقت المنظمة في عام 1994 مبادرة الشراكة في العمل.

وقد أسست هذه المبادرة إطاراً للتعاون بين المفوضية ومئات المنظمات غير الحكومية في جميع أنحاء العالم والذين تعمل معهم. وكانت الفكرة من وراء طرح هذه المبادرة تحسين علاقة العمل بين المفوضية والمنظمات غير الحكومية والنظر في القضايا الهامة ذات الاهتمام المشترك. كما أدخلت عملية الشراكة في العمل هياكل وآليات جديدة للتعاون على المستويين الإقليمي والوطني.

واليوم، تعتمد المفوضية بشكل كبير على المنظمات غير الحكومية لتنفيذ مجموعة واسعة من المشاريع، بما في ذلك توزيع المساعدات والحماية والخدمات اللوجستية والمأوى والصحة والمياه والصرف الصحي والتغذية ومشاريع التعليم. ومن المزايا الأخرى في السنوات الأخيرة تطوير شراكات قوية مع المزيد والمزيد من المنظمات غير الحكومية الوطنية.