تتمثل الأولوية الرئيسية بالنسبة للمفوضية في تعزيز شراكاتها مع المنظمات غير الحكومية. وترى المفوضية مثل هذه الشراكات على أنها أفضل وسيلة لضمان تلبية الاحتياجات الأساسية للاجئين والسكان الذي تعنى بأمرهم.

وعلى سبيل المثال، فقد أقرت المفوضية مبادئ منهاج العمل الإنساني العالمي للشراكة في يوليو/تموز 2007 ووزعتها على الموظفين. وتحدد هذه المبادئ المعايير المشتركة للمساواة والشفافية والتكامل والنهج الذي يركز على النتائج بين مختلف الجماعات الإنسانية.

وبالإضافة إلى ذلك، يستضيف المفوض السامي اجتماعاً، أو حواراً، سنوياً لمجموعة واسعة من الخبراء، بما في ذلك المنظمات غير الحكومية الوطنية والدولية من مختلف أنحاء العالم. ويسمح هذا اللقاء الغير رسمي للمنظمات غير الحكومية والدول بالمشاركة على قدم المساواة كشركاء، وهو نهج ترحب به المنظمات غير الحكومية.